W 1942 roku papież Pius XII ogłosił, że pod bazyliką odnaleziono grób świętego Piotra. Choć efekty tamtych prac archeologicznych nadal budzą wiele wątpliwości to dla wielu chrześcijan jest jasnym, że w podziemiach właśnie tego kościoła spoczęły szczątki pierwszego papieża.
Na początku był grób
Nie ma pewności czy święty Piotr był w Rzymie. Takie przekonanie wypływa z tradycji oraz z tajemniczego cytatu z Pierwszego Listu św. Piotra. Apostoł w zakończeniu pisze do chrześcijan: “Pozdrawia was ta, która jest w Babilonie razem z wami wybrana, oraz Marek, mój syn”. Problem polega na tym, że miasto Babilon leżało w gruzach od ponad stu lat. Tymczasem takie określenie stosowano w odniesieniu do stolicy cesarstwa Rzymskiego. Pobyt i męczeńską śmierć pierwszego papieża wspominają też niektórzy z pisarzy wczesnego chrześcijaństwa (np. św. Ireneusz z Lyonu). Żyjący na przełomie II i III wieku kapłan Gajusz wspominał o istnieniu “memorii Piotra” podając że znajdowała się ona na Watykanie. Według historyków miał to być pierwszy nagrobek apostoła. Być może jego pozostałością jest odnaleziony przez archeologów fragment czerwonego tynku z napisem PETR […] ENI.
Zwycięski cesarz
W 313 roku cesarz Konstantyn Wielki wydał edykt mediolański gwarantujący każdemu chrześcijaninowi swobodę wyznania. Była to pewna forma podziękowania za wsparcie podczas kampanii przeciw Maksencjuszowi. Na samym edykcie się jednak nie skończyło. Cesarz wraz z papieżem Sylwestrem wznieśli pięcionawową świątynię w miejscu gdzie znajdował się monument oznaczający lokalizację grobu świętego Piotra. Obudowano go marmurowym relikwiarzem i umieszczono wewnątrz nowego kościoła. Na nieszczęście budowla znalazła się poza murami Rzymu i w IX wieku została ograbiona przez piratów. Ówczesny papież wybudował więc mur obronny chroniący tę jedną z najważniejszych świątyń chrześcijańskiego świata.
Największa z wielkich
W XVI wieku stara bazylika Konstantyna była w opłakanym stanie. Dlatego też papież – mecenas Juliusz II podjął decyzję o jej zburzeniu i wystawieniu w tym miejscu godnego kościoła. 18 kwietnia 1506 roku papież osobiście położył kamień węgielny pod budowę świątyni. Prace architektoniczne miały trwać 120 lat i objąć pontyfikaty 20 papieży! Zmieniali się architekci i projekty budowli. Budowę nadzorowali między innymi: Donato Bramante, Rafael Santi, Michał Anioł, Domenico Fontana i Carlo Maderno. Kościół konsekrował w 1626 roku papież Urban VIII. W chwili zbudowania była to największa katolicka świątynia na świecie. W 1989 w RPA zbudowano Bazylikę Matki Boskiej Królowej Pokoju, która zdetronizowała rzymskiego giganta. Jednak pod względem kubatury prymat pierwszeństwa nadal dzierży “święty Piotr”.